Как и на территории других временно захваченных областей СССР, в Дубоссарском районе был установлен гитлеровский новый порядок – режим террора и военной политической диктатуры, массовых истреблений и бесчинств. С первых дней оккупации на всех столбах расклеивались фашистские листовки, в которых рассказывалось, что под Бендерами советские партизаны стреляли из оружия по румынским солдатам, за что в наказание оккупантами было расстреляно по 5 жителей из 17 –ти близлежащих сел. Еще по 5 жителей было взято в заложники и должны будут ответить своей жизнью при первой попытке атаковать румынских солдат или функционеров. Такие листовки должны были отпугнуть местное население, чтобы оно и думать даже несмело о неповиновении.
В это же время в городе началась подготовка к карательным акциям против еврейского населения. В западной части города, на улицах с компактным проживанием людей еврейской национальности было организовано еврейское гетто, куда сгонялись евреи из города и близлежащих сел Дубоссарского района. Другой точкой концентрации евреев была территория табакфермзавода, на восточной окраине города, куда колоннами сгонялись евреи с близлежащих городов Молдовы и Украины.
В конце августа 1941г. в Дубоссары прибыл карательный отряд гестаповцев в количестве 25 человек под командованием коменданта В. Келлера, который отличался особой жестокостью. Задачей отряда были карательные акции, которые последовали уже с первых дней сентября. Так только с 01 по 06 сентября было расстреляно 99 человек окрестных сел Коржево, Магалы, Кочиеры, Маловатое, Дойбаны-1, Ягорлык.
В начале сентября Келлер приказал примарю города А. Деменчуку вырыть на восточной окраине города 11 ям длинной 16 м, шириной 4 м, и глубиной 4 м. Для рытья пригоняли жителей окрестных сел Лунги, Магалы, Б.Фонтана, Коржево, которым говорили, что ямы нужны для овощехранилища.
12 сентября 1941г. первая партия в количестве 2,5 тыс. человек в 5 часов утра была выстроена во дворе табакфермзавода г. Дубоссары. Сначала отделили мужчин, и повели к вырытым ямам, и перед тем, как расстрелять, с обреченными проводилась так называемая «золотая обработка», снимали с них кольца, серьги, цепочки, а также золотые зубы рвали клещами, и только потом расстреливали. После мужчин были расстреляны женщины и дети. Грудных детей мать должна была держать на вытянутых руках впереди себя, чтобы ребенок был на весу. Причем, фашисты устраивали себе «забаву» – стреляя, убить одним выстрелом и мать и ребенка. Стреляли группами по 20 человек по 4-5 часов в день в течение 17 дней. После заполнения ямы убитыми, она зарывалась и ставилась охрана на несколько дней, так как в яму попадали и живые люди – либо раненые, либо вообще, потеряв сознание, падали в яму раньше, чем их настигала пуля. На этих ямах, по свидетельству очевидцев, еще несколько дней после расстрела, земля колыхалась. Таким образом с 12 по 28 сентября 1941г. у этих ям было расстреляно по первоначальным данным от 6 до 8 тыс. человек. (документальная повесть А. М. Москалевой «Дубоссарская трагедия, осень 1941 г.»)
Стали известны подробности, совершенных фашистами злодеяний в Дубоссарах после рассекречивания обвинительного заключения Военного прокурора войск НКВД МССР, составленного 14 апреля 1944 г. органами контрразведки «Смерш» по делу о зверствах по уничтожению еврейского населения в Дубоссарском районе фашистами во время оккупации. (Фотокопия акта прилагается, № 49)
Согласно материалам обвинительного заключения, а также по факту состоявшейся эксгумации одной из 11 ям 31 марта 1945 г., фигурирует цифра от 6 до 8 тыс. жертв. Однако Дубоссарским обществом еврейской культуры под руководством А.М. Москалевой, ветерана ВОВ (ныне покойной) было проведено свое расследование по установлению количества расстреляных, по результатам которого А. М. Москалева выпустила книгу «Дубоссарская трагедия, сентябрь 1941г. Документальная повесть», изданная в Дубоссарах в 1999 г. В этой книге автор выходит уже на цифру 18,5 тыс. жертв.
Ныне на месте трагедии находится «Мемориал жертвам фашизма». Это место свято, оно является обвинением фашизму и поклонением для тех, кто остался в живых, а жители г. Дубоссары нарекли это место «Дубоссарский Бабий Яр».
В ответ на карательные акции фашистов в оккупированном городе, начинается волна протеста, неповиновения. Жители саботировали мероприятия оккупационных властей, препятствовали вывозу хлеба, угону скота и др. Уже в феврале 1942 г. в городе начинает действовать первая подпольная группа «За Родину» под руководством Игната Дешевого, бывшего инструктора Дубоссарского райкома комсомола. В разное время в городе действовали также подпольные группы под руководством Молчанова Николая Дмитриевича, Куликова Михаила Ивановича. Доподлинно известны нам имена более 15 членов подполья, действовавших в Дубоссарах за годы оккупации – это: Дешевый Игнат, братья Жулавские – Иван и Андрей, Сокольников Иван, Мунтян Дмитрий, Макаренко Иван, Неурецкий Иван, Абраш Василий, Мироненко Александр, братья Надводские -Дмитрий и Иван, Куликов Михаил, Молчанов Николай, Дибулат Михаил, Вареньев Валерий, Голуб Иван.
На счету дубоссарских подпольщиков целый ряд, казалось бы, мелких диверсий: распространение информационных листовок, убийство румынского жандарма, повреждение телеграфной связи, повреждение немецкого автотранспорта, повреждение части Криулянского моста и др. .Но эти мелкие диверсии заставляли гитлеровцев проводить все время в страхе, напоминая им, что они находятся на чужой земле, и рано или поздно им придется отсюда убраться.
Документальное подтверждение о деятельности подпольной группы патриотов в г. Дубоссары во время фашистской немецко-румынской оккупации мы узнаем из официального сообщения (№ 354, прилагается) Дубоссарского РКП(б) Молдавии о деятельности в г. Дубоссары подпольно-патриотической группы от 7 апреля 1952 г., отправленного в ответ на запрос заведующего партизанской группы при ЦК КП Молдавии Д. Д. Елина 10 марта 1952 г. Копия данного сообщения опубликована в сборнике документов «Молдавская ССР в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг., ответственный редактор С. Я. Афтенюк, т. II, стр. 337. «Штиинца», Кишинев, 1975 г.
Кроме документального подтверждения о деятельности дубоссарского подполья в годы оккупации в фондах ИКМ г. Дубоссары имеется пакет документов, где находятся материалы опроса местных жителей о партизанской борьбе в г. Дубоссары за время фашисткой оккупации. Материалы были переданы в фонды музея директором Дубоссарского Дома пионеров Стрий Надеждой Алексеевной, которая руководила группой пионеров следопытов по поиску свидетелей событий времен оккупации. Всего 10 свидетельских показаний, №№ ОФ 5942- 5951, которые позволили составить картину деятельности подпольной группы «За Родину».
Всячески оказывало население города Дубоссары и района поддержку во время оккупации и разведчикам, которые забрасывались сюда с разведывательной целью. В дубоссарском музее хранится материал о разведчиках капитане Павленко и радистке Федоровой Александре, которые были заброшены с разведывательным заданием на территорию Дубоссарского района в октябре 1941 г., и которым предоставила укрытие во время выполнения задания на чердаке своего дома жительница с. Койково – Перепелица Любовь. Рискуя своей жизнью, приняла Любовь разведчиков, как своих детей и, провожая, слезно умоляла, чтобы возвращались скорей. Но свидеться им пришлось только через 25 лет, когда Дубоссарский район отмечал 25-летие освобождения от фашистской оккупации, и принимал в качестве дорогих гостей участников боев за освобождение этого края (Фотоснимок прилагается, № 19) Подпольное движение и сопротивление на оккупированных территориях СССР внесли неоценимый вклад в приближении дня Победы.
Ущерб, нанесенный городу и району за время оккупационного режима огромен. Немецко-румынские оккупанты уничтожили: 30 колхозов, 2 совхоза, 2 МТС, 34 школы, 4 больницы, 4 промышленных предприятия, городскую электростанцию, вальцовую мельницу, более 2000 домов в городе, 18 клубов, 3 городских театра. Угнали более 14 тыс. голов рогатого скота, были уничтожены все животноводческие постройки. Общая сумма разграбленного имущества составила 17,6 млн. руб.